Đối với việc áp dụng hiệu lực quy định văn bản quy phạm pháp luật mới ban hành, Tổng cục Hải quan hướng dẫn, tất cả văn bản của Tổng cục đã ký có nội dung trái, không phù hợp với các quy định mới (Nghị định 59 và Thông tư 39), phải thực hiện theo quy định tại nghị định và thông tư nêu trên từ ngày 5/6/2018.

Trong thời gian Tổng cục Hải quan chưa ban hành sửa đổi Quy trình KTSTQ, khi thực hiện kiểm tra theo Quy trình KTSTQ ban hành theo Quyết định số 1410/QĐ-TCHQ ngày 14/05/2015 của Tổng cục Hải quan, phải đối chiếu với các quy định mới. Nếu có quy định tại quy trình trái, không phù hợp với các quy định tại các văn bản nêu trên thì thực hiện theo quy định tại Nghị định 59 và Thông tư 39.

Về các nội dung sửa đổi mới cần chú ý về KTSTQ quy định tại Nghị định 59 và Thông tư 39, tập trung vào thu thập thông tin phục vụ KTSTQ, nội dung này được sửa đổi hình thức xác minh thống nhất thành một hình thức chung là thu thập thông tin.Đồng thời, quy định rõ không thực hiện thu thập thông tin trực tiếp tại trụ sở người khai hải quan, trừ trường hợp thu thập thông tin trực tiếp từ người khai hải quan thì chỉ thực hiện khi người khai hải quan có văn bản đề nghị cung cấp thông tin trực tiếp tại cơ quan Hải quan.

Ngoài ra, Tổng cục Hải quan hướng dẫn cụ thể các nội dung liên quan đến KTSTQ tại trụ sở người khai hải quan.

Đáng chú ý, theo Tổng cục Hải quan, những quy định tại quy trình 1410/QĐ-TCHQ không phù hợp, trái Nghị định 59 và Thông tư 39 tự động bị bãi bỏ, đặc biệt chú ý bỏ những quy định tại quy trình như: Bỏ hình thức thu thập thông tin trực tiếp tại trụ sở người khai hải quan (điểm 2.2 khoản 2 Điều 3); Bỏ quy định nhận phiếu chuyển nghiệp vụ từ tham vấn sang nội dung: “Từ phiếu chuyển nghiệp vụ theo quy định tại khoản 2 Điều 16 Quy trình này” (điểm 2.1 khoản 2 Điều 4); Bỏ quy định lựa chọn để đề xuất kiểm tra tại trụ sở Chi cục KTSTQ đối với trường hợp “Nhóm hồ sơ hải quan/ người khai hải quan chuyển theo quy định tại điểm g.2 khoản 3 Điều 25 Thông tư số 38/2015/TT-BTC” ( tiết a.4, điểm 1.1.2 khoản 1 Điều 5); Bỏ toàn bộ quy định Thông báo thu thập thông tin tại trụ sở người khai hải quan (điểm c khoản 1 Điều 6).

Bên cạnh đó, để quy trình KTSTQ phù hợp thực tiễn và các quy định tại Nghị định và Thông tư sửa đổi, Tổng cục Hải quan yêu cầu các Cục Hải quan địa phương rà soát các nội dung hướng dẫn KTSTQ tại Quy trình 1410, phát hiện những nội dung không còn phù hợp, nội dung vướng mắc trong thực tiễn thực hiện cần sửa đổi và có ý kiến tham gia bằng văn bản gửi về Cục KTSTQ tổng hợp trình lãnh đạo Tổng cục trước ngày20/6/2018.