Theo đó, về tính trị giá hải quan đối với các khoản điều chỉnh, Tổng cục Hải quan yêu cầu các cục hải quan tỉnh, thành phố hướng dẫn DN chỉ thực hiện khai báo chi phí vận tải và các chi phí có liên quan đến việc vận chuyển hàng hóa đến cửa khẩu nhập đầu tiên nếu các khoản chi phí này thuộc khoản điều chỉnh cộng quy định tại điểm g khoản 2 Điều 13 Thông tư 39/2015/TT-BTC và đáp ứng đủ các điều kiện quy định tại khoản 1 Điều 13 Thông tư 39/2015/TT-BTC.

Cửa khẩu nhập đầu tiên đối với phương thức vận tải đường biển, đường hàng không là cảng dỡ hàng ghi trên vận đơn theo quy định tại khoản 8 Điều 1 Nghị định 59/2018/NĐ-CP.

Các chi phí vận tải và các chi phí có liên quan đến việc vận chuyển hàng hóa trả cho những hoạt động phát sinh sau khi hàng hóa NK đến cửa khẩu nhập đầu tiên, hoặc các chi phí phát sinh đến cửa khẩu nhập đầu tiên nhưng không đáp ứng đồng thời các điều kiện quy định tại khoản 1 Điều 13 Thông tư 39/2015/TT-BTC thì không phải cộng vào trị giá hải quan.

Bên cạnh đó, Tổng cục Hải quan cũng yêu cầu các cục hải quan tỉnh, thành phố trong quá trình kiểm tra trị giá hải quan, công chức hải quan phải căn cứ vào hồ sơ thực tế lô hàng NK và các chứng từ, tài liệu có liên quan, đối chiếu với các quy định về khoản phải cộng, các điều kiện cộng vào trị giá hải quan nên trên để các định các khoản chi phí vận tải hoặc chi phí có liên quan đến việc vận chuyển hàng hóa đến cửa khẩu nhập đầu tiên phải cộng hay không phải cộng, tránh khiếu nại, khiếu kiện của DN.

Riêng về vấn đề tính thuế GTGT khi DN thực hiện kê khai các khoản phí vận tải vào trị giá hải quan, Tổng cục Hải quan cho biết, Bộ Tài chính đã giao Tổng cục Thuế rà soát và có hướng dẫn việc thực hiện kê khai thuế GTGT đối với các khoản chi phí vận tải và các chi phí có liên quan đến việc vận chuyển hàng hóa đến cửa khẩu nhập đầu tiên để đảm bảo thống nhất, đúng quy định, tránh bị tính thuế GTGT hai lần ở khâu NK và khâu nội địa.