Theo VCCI, nhiều DN phản ánh những bất hợp lý trong quy định việc nộp thuế đối với hàng TNTX, hàng NK qua đường chuyển phát nhanh đã ký hợp đồng bán cho DN chế xuất... Hay quy định phải nộp thuế trước khi thông quan đối với DN luôn chấp hành tốt pháp luật là chưa hợp lý, không động viên khuyến khích DN tuân thủ pháp luật. Cần xem xét lại thời hạn nộp thuế đối với nguyên liệu để sản xuất hàng XK đối với sản xuất sản phẩm có chu kỳ dài hơn 275 ngày.

Liên quan đến quy định nộp thuế đối với hàng TNTX, hàng NK qua đường chuyển phát nhanh đã ký hợp đồng bán cho DN chế xuất, thời hạn nộp thuế đối với nguyên liệu để sản xuất hàng XK đối với sản phẩm có chu kỳ dài hơn 275 ngày, Tổng cục Hải quan cho biết, theo quy định hiện hành của Luật thuế XK, thuế NK (Điều 19), Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13 (khoản 11 Điều 1), thì hàng hóa kinh doanh TNTX tạm nộp thuế hoặc thực hiện bảo lãnh khi tạm nhập và được hoàn thuế khi tái xuất. Tuy nhiên, để tạo điều kiện thuận lợi cho DN và phù hợp với thông lệ quốc tế, khoản 9 Điều 16 dự thảo Luật thuế XK, thuế NK sửa đổi (dự kiến trình Quốc hội thông qua tại kỳ họp thứ 11 (tháng 3-2016) đã quy định theo hướng chuyển hàng kinh doanh TNTX từ đối tượng hoàn thuế sang đối tượng miễn thuế trong thời hạn TNTX với điều kiện phải có bảo lãnh của tổ chức tín dụng hoặc đặt cọc một khoản tiền tương đương số tiền thuế NK của hàng TNTX. 

Thời hạn nộp thuế đối với nguyên liệu để sản xuất hàng XK đối với sản phẩm có chu kỳ dài hơn 275 ngày, Tổng cục Hải quan cho biết, theo quy định tại khoản 8 Điều 5 Nghị định 12/2015/NĐ-CP của Chính phủ; Khoản 1 Điều 42, Điều 135 Thông tư 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính (gọi tắt là Thông tư 38) nếu DN đáp ứng đủ các điều kiện thì được xem xét gia hạn nộp thuế, thời gian gia hạn tối đa không quá 2 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế. Như vậy, đối với loại hình này thì có cả trường hợp thời gian ân hạn và thời gian gia hạn là gần 3 năm (bao gồm: thời hạn nộp thuế 275 ngày + thời gian gia hạn 2 năm).

Đối với phản ánh của DN về luân chuyển chứng từ nộp thuế giữa ngân hàng, kho bạc và cơ quan Hải quan chưa kịp thời, theo Tổng cục Hải quan, hiện nay, DN có thể nộp thuế và thanh toán thuế, lệ phí hải quan, thu khác qua 4 kênh sau: Ngân hàng phối hợp thu, Kho bạc Nhà nước, ngân hàng chưa phối hợp thu và tại cơ quan Hải quan. Trường hợp nộp tiền qua ngân hàng phối hợp thu, trực tiếp tại Kho bạc Nhà nước: Việc truyền, nhận thông tin thu nộp thuế, hạch toán, trừ nợ, xác nhận hoàn thành nghĩa vụ về thuế và thông quan hàng hóa được thực hiện online và 24/7, nên không xảy ra tình trạng DN đã nộp tiền, được hạch toán nhưng còn treo nợ thuế trên hệ thống làm DN không thông quan được hàng hóa.

Thực tế hiện nay, ngay sau khi nhận được thông tin đã nộp thuế từ ngân hàng phối hợp thu/Kho bạc Nhà nước, cơ quan Hải quan hạch toán trừ nợ, xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế để cấp phép thông quan hàng hóa, thời gian chỉ tính bằng phút (tức là từ lúc cổng thanh toán điện tử hải quan chấp nhận thanh toán từ ngân hàng chuyển qua hệ thống kế toán thuế là online, từ hệ thống kế toán sang VNACCS tần suất là 5 giây/lần chuyển).

Tuy nhiên, theo quy định tại Điều 8 Thông tư 126/2014/TT-BTC: Sau khi ngân hàng thu tiền từ người nộp thuế sẽ chuyển thông tin và tiền sang ngân hàng ủy nhiệm thu (BIDV, Agribank, VietinBank, VCB) hoặc chuyển vào Kho bạc Nhà nước. Khi nhận được thông tin thanh toán từ ngân hàng ủy nhiệm thu hoặc bảng kê giấy nộp tiền do Kho bạc Nhà nước chuyển đến, cơ quan Hải quan sẽ hạch toán online trừ nợ, xác nhận hoàn thành nghĩa vụ về thuế và thông quan hàng hóa.

Bên cạnh đó, các DN có vốn đầu tư nước ngoài, DN 100% vốn nước ngoài thường sử dụng thanh toán qua các ngân hàng nước ngoài. Tuy nhiên, đến thời điểm hiện nay mới có 2 ngân hàng nước ngoài phối hợp thu (ANZ và BTMU), nên các DN đầu tư, liên doanh thường chuyển tiền qua các ngân hàng chưa phối hợp thu nên có thể đã xảy ra tình trạng DN đã nộp tiền nhưng hàng hóa chưa được thông quan.

Nhằm khắc phục các hạn chế về thời gian làm việc của cơ quan Hải quan với ngân hàng hoặc Kho bạc để tạo thuận lợi trong việc nộp tiền thuế của DN, Tổng cục Hải quan nhấn mạnh, theo quy định, người khai hải quan có thể đăng ký chính thức tờ khai hải quan trước 15 ngày khi hàng đến, DN có thể chủ động nộp tiền theo khai báo qua ngân hàng phối hợp thu, Kho bạc Nhà nước trong giờ làm việc hoặc trước ngày nghỉ lễ, Tết. Đồng thời, DN có thể đề nghị ngân hàng làm thủ tục bảo lãnh chung, chủ động khai báo làm thủ tục hải quan bất kỳ thời gian nào trong ngày, kể cả ngày nghỉ, ngày lễ tết, đảm bảo thông quan nhanh hàng hóa ngay sau khi cơ quan Hải quan kết thúc việc kiểm tra thủ tục hải quan.

Về ý kiến cho rằng việc xác định mã HS và biểu thuế vẫn còn tình trạng một số mặt hàng về các cửa khẩu khác nhau áp mã HS khác nhau gây bức xúc cho DN. Việc tuyên truyền phổ biến biểu thuế xuất NK cho DN chưa kịp thời và toàn diện. Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan đã và đang nỗ lực để khắc phục tình trạng một mặt hàng về các cửa khẩu khác nhau, các Chi cục Hải quan áp mã HS khác nhau bằng các giải pháp như: Xây dựng Cơ sở dữ liệu về phân loại hàng hóa và áp dụng mức thuế để dùng chung xuyên suốt từ các cấp: Chi cục, Cục và Tổng cục trên phạm vi toàn ngành; thay đổi thẩm quyền ban hành kết quả phân loại đối với các hàng hóa phải phân tích… Do đó, việc áp mã HS khác nhau giữa các Chi cục cũng được giảm dần xong vẫn chưa khắc phục được triệt để. Tổng cục Hải quan ghi nhận phản ánh của DN để tiếp tục tìm giải pháp để khắc phục tình trạng này.

Tổng cục Hải quan cũng cho rằng, hiện nay các Biểu thuế khi ban hành đều được đưa lên trang web của Bộ Tài chính và Tổng cục Hải quan. Trên trang web của Tổng cục Hải quan cũng có phần tra cứu thuế suất thuế NK, nội dung này cũng được cập nhật thường xuyên khi có sự thay đổi. Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan các tỉnh thành phố cũng có tổ chức các buổi tập huấn về phân loại và áp dụng mức thuế XK, NK cho cộng đồng DN. Tuy nhiên, các buổi tập huấn này chưa được thường xuyên, do đó, Tổng cục Hải quan cũng ghi nhận phản ánh của DN để tuyên truyền tốt hơn nữa việc áp dụng các mức thuế XK, NK.