Hướng dẫn khai báo tờ khai vận chuyển độc lập:
1. Hồ sơ hải quan:
a) Tờ khai vận chuyển độc lập theo các chỉ tiêu thông tin quy định, tại mục 6 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 38/2015/TT-BTC.
Trường hợp thông tin cần khai báo vượt quá thiết kế của tờ khai vận chuyển độc lập trên hệ thống thì người vận chuyển nộp thêm các chứng từ sau đây:
a.1) 02 Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu theo mẫu quy định tại Phụ lục 1 ban hành kèm theo công văn này đối với trường hợp lô hàng có trên 05 vận đơn, hoặc có trên 50 tờ khai xuất khẩu nhưng có số lượng container hoặc gói, kiện rời nhỏ hơn 100;
a.2) 03 Bản kê hàng hóa theo mẫu quy định tại Phụ lục 2 ban hành kèm theo công văn này đối với trường hợp lô hàng có số lượng container hoặc gói, kiện rời lớn hơn 100.
b) Vận tải đơn trừ trường hợp hàng hóa vận chuyển qua biên giới đường bộ không có vận tải đơn: 01 bản chụp.
Trường hợp toàn bộ hàng hóa đã được khai trên Bản lược khai hàng hóa điện tử (hệ thống e-Manifest), nếu người khai hải quan khai mã bộ hồ sơ do cơ quan hải quan thông báo trên Hệ thống e Manifest tại tiêu chí “Số hàng hóa (Số B/L/AWB)”, đồng thời ghi nhận tại tiêu chí “Ghi chú 1” như sau “Chi tiết số vận đơn, người xuất khẩu, người nhập khẩu và tên hàng theo thông tin khai báo trên Hệ thống e-Manifest" thì không phải nộp bản sao vận đơn trong bộ hồ sơ hải quan;
c) Giấy phép quá cảnh đối với trường hợp hàng quá cảnh phải có giấy phép: 01 bản chính.
2. Nguyên tắc khai hải quan và thực hiện thủ tục hải quan:
a) Người vận chuyển khai các thông tin trên tờ khai vận chuyển độc lập như sau:
a.1) Trường hợp thông tin hàng hóa của lô hàng cần vận chuyển phù hợp thiết kế của tờ khai vận chuyển độc lập (có tối đa 05 vận đơn và tối đa 100 container/gói, kiện rời hoặc tối đa 50 tờ khai xuất khẩu và tối đa 100 container/gói, kiện rời): thực hiện khai báo các tiêu chí tờ khai vận chuyển độc lập theo quy định tại Mục 6 Phụ lục 2 ban hành kèm theo Thông tư 38/2015/TT-BTC. Lưu ý ngoại trừ các tiêu chí bắt buộc do Hệ thống chỉ định, các tiêu chí khác người khai hải quan khai khi có thông tin;
a.2) Trường hợp thông tin hàng hóa của lô hàng cần vận chuyển vượt quá thiết kế của tờ khai vận chuyển độc lập thì thực hiện như sau:
a.2.1) Tiêu chí “Loại hình vận chuyển”: khai KS (vận chuyển hàng hóa có thủ tục đơn giản);
a.2.2) Tiêu chí '‘Tên hàng”: trường hợp hàng xuất khẩu hoặc hàng quá cảnh xuất khẩu có nhiều tên hàng thì người khai không phải khai tên hàng, ghi “chi tiết theo tờ khai xuất khẩu”; trường hợp hàng hóa nhập khẩu thì ghi “chi tiết theo vận đơn";
a.2.3) Tiêu chí “Số hàng hóa (Số B/L/AWB)”, “Số tờ khai xuất khẩu” và “Số hiệu container/Số hiệu toa/số hiệu kiện” thực hiện khai báo như sau:
a.2.3.1) Trường hợp hàng nhập khẩu và hàng quá cảnh nhập khẩu, có trên 05 vận đơn nhưng có số lượng container hoặc gói, kiện rời nhỏ hơn 100; và trường hợp hàng xuất khẩu và hàng quá cảnh xuất khẩu có trên 50 tờ khai xuất khẩu nhưng có số lượng container hoặc gói, kiện rời nhỏ hơn 100:
- Lập Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu theo mẫu tại Phụ lục 1 ban hành kèm theo công văn này;
- Sử dụng số Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu để khai báo vào tiêu chí “Số hàng hóa (Số B/L/AWB)" trên tờ khai vận chuyển độc lập. Gửi số Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu thông qua nghiệp vụ IIYS và khai số tệp tin đính kèm tại tiêu chí “Ghi chú 1” như sau “Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu theo số tệp tin đính kèm (số tệp tin đính kèm do Hệ thống cấp)”
a.2.3.2) Trường hợp hàng nhập khẩu, hàng quá cảnh nhập khẩu có trên 100 container hoặc gói, kiện rời (không giới hạn số vận đơn); và trường hợp hàng xuất khẩu và hàng quá cảnh xuất khẩu có số lượng container hoặc gói, kiện rời lớn hơn 100 (không giới hạn số lượng tờ khai xuất khẩu);
- Lập Bản kê hàng hóa theo mẫu tại Phụ lục 2 ban hành kèm theo công văn này (không phải Lập thêm Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu);
- Sử dụng số Bản kê hàng hóa để khai vào tiêu chí “Số hàng hóa (Số B/L/AWB)” trên tờ khai vận chuyển độc lập. Gửi số Bản kê hàng hóa thông qua nghiệp vụ HYS và khai số tệp tin đính kèm tại tiêu chí “Ghi chú 1” như sau “Bản kê hàng hóa theo số tệp tin đính kèm (số tệp tin đính kèm do Hệ thống cấp)”.
a.2.3.3) Riêng trường hợp hàng hóa nhập khẩu và hàng hóa quá cảnh nhập khẩu dưới 5 vận đơn và trường hợp hàng xuất khẩu và hàng quá cảnh xuất khẩu dưới 50 tờ khai xuất, nhưng có trên 100 container hoặc gói, kiện rời thì ngoài việc lập Bản kê hàng hóa, người khai hải quan vẫn phải khai đầy đủ thông tin tại tiêu chí “Số hàng hóa (Số B/L/AWB)” hoặc “Số tờ khai xuất khẩu”.
a.2.4) Các tiêu chí khác: ngoại trừ các tiêu chí bắt buộc do Hệ thống chỉ định người khai hải quan khai khi có thông tin.
a.3) Sau khi tờ khai vận chuyển độc lập được phê duyệt, cung cấp danh sách container hoặc danh sách hàng hóa khai báo tại tờ khai vận chuyển độc lập cho cơ quan hải quan (thông qua Hệ thống khai báo hoặc gửi bản mềm trực tiếp cho cơ quan hải quan).
b) Hàng hóa quy định tại điểm a khoản 1 Điều 51 Thông tư số 38/2015/TT-BTC có mục đích vận chuyển khác nhau thì khai báo trên các tờ khai vận chuyển độc lập khác nhau (tiêu chí “Mã mục đích vận chuyển” trên tờ khai vận chuyển độc lập);
c) Hàng hóa vận chuyển từ cửa khẩu nhập của nhiều vận đơn có cùng một điểm đích ghi trên vận đơn hoặc hàng hóa của nhiều tờ khai xuất khẩu có cùng địa điểm xuất hàng (cảng xuất hàng) thì được một tờ khai vận chuyển, độc lập, không giới hạn số lượng vận đơn và số lượng container, số kiện hàng, hàng rời kèm theo tờ khai vận chuyển độc lập;
d) Hàng hóa vận chuyển bằng đường biển, đường sông quy định tại điểm b.3 và điểm b.4 khoản 1 Điều 50 Thông tư số 38/2015/TT-BTC và hàng hóa quá cảnh không phải thực hiện niêm phong hải quan nếu đáp ứng các điều kiện sau:
d.1) Chứa trong container còn nguyên niêm phong của hãng vận chuyển;
d.2) Chuyển tải xuống xà lan xếp nhiều tầng không thể niêm phong hoặc để trên tàu nhưng xếp nhiều tầng không thể niêm phong.
3. Thủ tục hải quan
a) Trách nhiệm của người vận chuyển:
 Khai và tiếp nhận thông tin phản hồi từ Hệ thống và thực hiện như sau:
a.1) Trường hợp tờ khai thuộc luồng 1 và được Hệ thống phê duyệt vận chuyển, người khai hải quan in 03 Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển, 02 Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu (nếu có), 03 Bản kê hàng hóa (nếu có) và xuất trình hàng hóa cho cơ quan hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đi để niêm phong, xác nhận hàng hóa vận chuyển đi;
a.2) Trường hợp tờ khai thuộc luồng 2, người khai hải quan xuất  trình hồ sơ hải quan theo yêu cầu tại khoản 1 Mục này cho cơ quan hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đi để kiểm tra, phê duyệt vận chuyển, niêm phong, xác nhận hàng hóa vận chuyển đi;
a.3) Xuất trình hàng hóa cho cơ quan hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đi để cơ quan hải quan kiểm tra thực tế theo yêu cầu của cơ quan hải quan trong trường hợp lô hàng có dấu hiệu vi phạm pháp luật;
a.4) Khai bổ sung tờ khai vận chuyển theo thông báo của cơ quan hải quan;
a.5) Trường hợp có sửa đổi, bổ sung thông tin tại Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu hoặc Bản kê hàng hóa, người vận chuyển giải trình lý do sửa đổi bổ sung bằng văn bản trong 24 giờ kể từ khi công chức giám sát xác nhận trên Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu hoặc Bản kê hàng hóa; và cập nhật sửa đổi bổ sung trên file HYS đính kèm sau khi Chi cục Hải quan đã phê duyệt.
b) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đi:
b.1) Kiểm tra hồ sơ trong trường hợp Hệ thống yêu cầu kiểm tra hồ sơ và hướng dẫn người khai hải quan khai bổ sung các thông tin khác trên tờ khai (nếu có).
Trường hợp hàng hóa có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định tại Điều 29 Thông tư 38/2015/TT-BTC. Kết quả kiểm tra thực tế được ghi trên Phiếu ghi kết quả kiểm tra theo mẫu 06/PGKQKT/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này và được gửi cho Chi cục Hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đến để theo dõi và làm tiếp thủ tục theo quy định;
b.2) Phê duyệt tờ khai vận chuyển hàng hóa trên Hệ thống. In 03 Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển theo yêu cầu của người khai hải quan;
b.3) Thực hiện niêm phong hàng hóa (nếu có) và ghi số niêm phong hải quan tại Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển hoặc Bản kê hàng hóa; ký tên đóng dấu công chức, ghi ngày, tháng, năm xác nhận trên trang đầu của Thông báo phê duyệt hoặc Bản kê hàng hóa (nếu có).
Trường hợp hàng hóa không thể niêm phong được, công chức hải quan lập biên bản ghi nhận ghi rõ tên hàng, số lượng, chủng loại, ký mã hiệu, xuất xứ (nếu có) và chụp ảnh nguyên trạng hàng hóa (nếu cần thiết).
Trường hợp có sửa đổi thông tin tại Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu hoặc Bản kê hàng hóa, căn cứ vào thực tế hàng hóa, công chức hải quan thực hiện xác nhận việc sửa đổi, bổ sung trên Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển; hoặc tại Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu hoặc Bản kê hàng hóa đính kèm (nếu có).
b.4) Cập nhật thông tin hàng hóa vận chuyển đi vào Hệ thống trong trường hợp tổ chức kinh doanh dịch vụ kho, bãi không kết nối trao đổi dữ liệu hải quan điện tử với cơ quan hải quan;
b.5) Bàn giao hàng hóa và hồ sơ cho người khai hải quan như sau:
b.5.1) 01 Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển; 01 Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu (nếu có); 01 Bản kê hàng hóa (nếu có) để xuất trình cho doanh nghiệp kinh doanh kho bãi hoặc công chức hải quan giám sát khi đưa hàng ra khỏi khu vực giám sát;
b.5.2) Niêm phong hồ sơ gồm 01 Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển, 01 Bản kê hàng hóa (nếu có); 01 biên bản ghi nhận và ảnh chụp (nếu có) để xuất trình Chi cục Hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đến;
b.6) Theo dõi về thông tin lô hàng vận chuyển chịu sự giám sát hải quan;
b.7) Tổ chức truy tìm lô hàng trong trường hợp quá thời hạn vận chuyển nhưng chưa nhận được phản hồi của Chi cục Hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đến.
b.8) Lưu giữ hồ sơ gồm 01 thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển, 01 Bản kê hàng hóa (nếu có); 01 Bản kê vận đơn/tờ khai xuất khẩu (nếu có); 01 Biên bản ghi nhận và ảnh chụp (nếu có).
c) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đến:
c.1) Công chức hải quan đối chiếu tình trạng niêm phong, dấu hiệu niêm phong hải quan trên Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển hoặc trên Bản kê hàng hóa (nếu có) với thực tế hàng hóa để xác nhận trên Hệ thống hoặc Bản kê hàng hóa;
c.2) Cập nhật thông tin hàng hóa vận chuyển, đến đích vào hệ thống.
Riêng đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu, quá cảnh xuất khẩu qua cửa khẩu đường bộ, đường sông, đường thủy nội địa, đường sắt liên vận quốc tế, xác nhận hàng hóa đã đến khu vực giám sát hải quan tại cửa khẩu xuất trên hệ thống hoặc hồi báo (fax) Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển xác nhận đã đến khu vực giám sát hải quan cho Chi cục Hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đi nếu không trao đổi được thông tin hồi báo trên hệ thống. Sau khi toàn bộ hàng hóa được vận chuyển qua khu vực cửa khẩu xuất sang nước nhập khẩu, công chức hải quan thực hiện cập nhật thông tin hàng hóa vận chuyển đến đích vào hệ thống.
d) Lưu giữ hồ sơ gồm 01 Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển, 01 Bản kê hàng hóa (nếu có), 01 Biên bản ghi nhận và ảnh chụp (nếu có).