Theo đó, DN chế xuất phải hạch toán riêng giao dịch mua hàng từ nội địa để XK. DN chế xuất thực hiện đăng ký thuế với cơ quan thuế nội địa để kê khai nộp thuế GTGT riêng đối với hoạt động XK, NK theo quyền XK, quyền NK.

Cũng theo hướng dẫn, khi DN chế xuất mua hàng hóa từ DN nội địa thì DN nội địa thực xuất hóa đơn GTGT cho DN chế xuất, trên hóa đơn phải ghi rõ thuế suất thuế GTGT (5% hoặc 10%).

Khi DN chế xuất XK thì DN chế xuất thực hiện thủ tục như các DN nội địa khác có hàng hóa XK và được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% được hoàn thuế GTGT đầu vào nếu đảm bảo đủ điều kiện.